作为生物信息学领域中最常用的一个工具，BLASTP被普遍应用于生物大数据剖析、基因组注释等领域。BLASTP的焦点功效是将一个卵白质序列比对到大规模已知的卵白质序列数据库中，以期确定其生物学意义。顾名思义，BLAST是“基于局部相似性的序列比对工具”（Basic Local Alignment Search Tool）的英文缩写，BLASTP则是“卵白质序列比对工具”。
BLASTP使用的算法是基于Smith-Waterman算法的，该算法通过长度不跨越一个阈值的局部序列比对来寻找两个卵白质序列的相似区域。BLASTP还连系了Karlin-Altschul统计方式，确定相似性的阈值。这种连系方式大幅提高了BLASTP的盘算速率。
BLASTP被普遍应用于生命科学基础研究和工程实践中，无论是剖析已经注释过的基因组，仍是寻找新的基因、新的同源物种，BLASTP都是不行或缺的工具之一。
值得一提的是，BLASTP的使用方式相对简朴，只需要输入起始序列，选择数据库或上传已有序列数据库，系统即可输出比对结果。此外，NCBI提供了厚实的BLASTP在线支持和履历交流，遇到问题可以审查其提供的示例或在Q
